Theo đó, danh mục đầu tư các dự án kết cấu hạ tầng đường thủy nội địa sử dụng NSNN bao gồm:
- Nâng cấp tuyến vận tải thủy sông Đuống (cầu đường sắt Đuống);
- Dự án WB6 - giai đoạn bổ sung vốn (kênh nối Đáy - Ninh Cơ)
- Nâng cấp tuyến kênh Chợ Gạo - giai đoạn 2;
- Phát triển các hành lang đường thủy và logistics khu vực phía Nam;
- Nâng cao tĩnh không các cầu đường bộ cắt qua tuyến đường thủy nội địa quốc gia - giai đoạn 1 (khu vực phía Nam);
- Dự án Nâng cấp tuyến Quảng Ninh - Hải Phòng - Thái Bình - Nam Định - Ninh Bình qua sông Luộc (Hành lang đường thủy số 2);
- Dự án Nâng cấp tuyến vận tải thủy Ninh Bình - Thanh Hóa
- Tuyến vận tải thủy Chợ Đệm - Bến Lức;...