1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 02 năm 2020.
2. Thông tư này bãi bỏ: điểm a khoản 2 Điều 12, khoản 2 Điều 18, khoản 2 Điều 21, Điều 25 và Điều 26 của Thông tư số 31/2016/TT-BTNMT ngày 14 tháng 10 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về bảo vệ môi trường cụm công nghiệp, khu kinh doanh, dịch vụ tập trung, làng nghệ và cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ; Phụ lục 3 của Thông tư số 38/2015/TT-BTNMT ngày 30 tháng 6 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn hoạt động cải tạo, phục hồi môi trường trong khai thác khoáng sản;
3. Thông tư số 26/2015/TT-BTNMT ngày 28 tháng 5 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định đề án bảo vệ môi trường chi tiết, đề án bảo vệ môi trường đơn giản, Thông tư số 27/2015/TT-BTNMT ngày 29 tháng 5 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và kế hoạch bảo vệ môi trường, Thông tư số 41/2015/TT-BTNMT ngày 09 tháng 9 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường về bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất và Thông tư số 30/2016/TT-BTNMT ngày 12 tháng 10 năm 2016 của Bộ trưỏng Bộ Tài nguyên và Môi trường về quản lý, cải tạo và phục hồi môi trường khu vực đất bị ô nhiễm tồn lưu hết hiệu lực kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
4. Các điều khoản quy định về báo cáo định kỳ (bao gồm báo cáo quan trắc và giám sát môi trường định kỳ, quan trắc tự động liên tục, quản lý chất thải rắn sinh hoạt, quản lý chất thải rắn công nghiệp thông thường, quản lý chất thải nguy hại, quản lý phế liệu nhập khẩu, kết quả giám sát và phục hồi môi trường trong khai thác khoáng sản) của cơ sở sản xuất, kinh doanh dịch vụ tại các văn bản quy định trước đây được thực hiện theo quy định tại Thông tư này kể từ thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành.
5. Các báo cáo về quản lý chất thải rắn sinh hoạt, quản lý chất thải rắn công nghiệp thông thường, quản lý chất thải nguy hại, quản lý phế liệu nhập khẩu quy định tại Mục III Phụ lục Nghị định 40/2019/NĐ-CP được lồng ghép trong báo cáo công tác bảo vệ môi trường quy định tại Thông tư này.